如果把被污染的样品直接注入色谱柱，杂质等有害物质在色谱柱中吸附，会使色谱柱损坏。为了防止这种情况，样品需要经过过滤器过滤后再注入色谱柱。但是过滤器有时不能的过滤有害物质，如果要除去有害成分的话手续非常繁琐。所以，即使样品经过过滤器过滤后再注入色谱柱，也有可能会因残留的有害成分而导致色谱柱损坏。
这种场合使用的色谱柱称为保护柱。保护柱是和正常色谱柱填充同样的填料的迷你色谱柱（尺寸小）。在注射器和正常色谱柱中放置保护柱，样品中的有害成分就会从的上部开始累积，在保护柱全部被污染之前更换保护柱的话，正常的色谱柱就不会被污染。
保护色谱柱的价格，通常是对应正常色谱柱的10分之1~3分之1，很好的利用色谱能延长正常色谱柱的使用寿命，是非常经济有效的措施。
然而，对于本身就比较便宜的色谱柱，和正常色谱柱相比保护柱的价格就相对变高了，这样的色谱柱也可以不使用。另外，硅胶柱的寿命本身就非常短，使用保护柱也没什么意义。反过来说，对于需要延长使用寿命的聚合物基质色谱柱，使用保护柱是非常有效果的。

可以截留那些导致色谱柱筛板堵塞、柱头塌陷和柱效下降的化学物质和微颗粒物。将那些强保留的、不可逆吸附的化合物截留下来，但是其 2μm的筛板却不足以去除微颗粒物。样品和流动相的过滤可以维护保护柱对化学污染物的吸附容量，能够更长时间的维护柱效，为液相色谱柱提供方便、经济和有效的保护，延长了色谱柱的寿命，保证分析结果的重现性。

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